科大有没有这种情况，本科物理毕业，研究生保研到6系或其他工科里面的？

当然可以。但前提是，孩子要学与6系相关的专业，如物理学院的物理电子学专业，而且最好要在大三时到6系某教授实验室从事大研，只要导师愿意要，且GPA符合保研要求，就ok了。